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Am 12. Juli 1563 hielt er vor dem Coetus eine Disputation über die lutherische Abendmahlslehre. Als die mächtige Tuchhandelskompanie "Merchant Adventurers" durch Vermittlung von [[Unico Manninga]] und [[Wilhelm Gnapheus]] von Antwerpen am 23. Mai 1564 nach Emden kam, wurde Ligarius noch im gleichen Monat amtsenthoben. Ende 1564 verließ er Norden und wurde Prediger in Wolthusen durch Eger Howerda. Im Herbst 1566 wurde Ligarius nach Antwerpen berufen. Am 2. September 1566 hatten die Lutheraner an drei Stellen in der Stadt die Erlaubnis erhalten, Gottesdienst zu halten. Durch Glaubenskonflikte in den Niederlanden war Ligarius gezwungen, die Stadt am 27. April 1567 zu verlassen und zog nach Wolthusen. Doch die hiesige Pastorenstelle war besetzt, auch gab es für ihn keine vergleichbare Stelle in Ostfriesland. Daraufhin zog er 1567 oder 1568 wieder in die Gegend von Woerden (Niederlande). Etwa ab Sommer 1568 bis Anfang 1569 wirkte er als Feldprediger bei Wilhelm von Oranien, zuletzt in Frankreich bis zur Auflösung von dessen Truppe. Danach zog er dann 1569 als Pastor in seine Geburtsgemeinde Nesse. Hier erlebte er die Sturmflut am Allerheiligentag, dem 1. November 1570, der im benachbarten Harlingerland allein 796 Menschen zum Opfer fielen.
Am 12. Juli 1563 hielt er vor dem Coetus eine Disputation über die lutherische Abendmahlslehre. Als die mächtige Tuchhandelskompanie "Merchant Adventurers" durch Vermittlung von [[Unico Manninga]] und [[Wilhelm Gnapheus]] von Antwerpen am 23. Mai 1564 nach Emden kam, wurde Ligarius noch im gleichen Monat amtsenthoben. Ende 1564 verließ er Norden und wurde Prediger in Wolthusen durch Eger Howerda. Im Herbst 1566 wurde Ligarius nach Antwerpen berufen. Am 2. September 1566 hatten die Lutheraner an drei Stellen in der Stadt die Erlaubnis erhalten, Gottesdienst zu halten. Durch Glaubenskonflikte in den Niederlanden war Ligarius gezwungen, die Stadt am 27. April 1567 zu verlassen und zog nach Wolthusen. Doch die hiesige Pastorenstelle war besetzt, auch gab es für ihn keine vergleichbare Stelle in Ostfriesland. Daraufhin zog er 1567 oder 1568 wieder in die Gegend von Woerden (Niederlande). Etwa ab Sommer 1568 bis Anfang 1569 wirkte er als Feldprediger bei Wilhelm von Oranien, zuletzt in Frankreich bis zur Auflösung von dessen Truppe. Danach zog er dann 1569 als Pastor in seine Geburtsgemeinde Nesse. Hier erlebte er die Sturmflut am Allerheiligentag, dem 1. November 1570, der im benachbarten Harlingerland allein 796 Menschen zum Opfer fielen.


Kaum drei Jahre später erhielt er einen Ruf nach Woerden auf die dritte Stelle, aber auch dieser verschloss er sich. Nach dem Tode [[Anna von Oldenburg|Gräfin Annas]], Ende 1575, versuchte Menso Alting, den Coetus reformiert zu gestalten und forderte Johannes Ligarius, Martin Faber und andere auf, die Unterschrift dafür zu leisten. Dem folgten diese aber nicht.
Kaum drei Jahre später erhielt er einen Ruf nach Woerden auf die dritte Stelle, aber auch dieser verschloss er sich. Nach dem Tode [[Anna von Oldenburg|Gräfin Annas]], Ende 1575, versuchte Menso Alting, die Versammlungen (Coetus) reformiert zu gestalten und forderte Johannes Ligarius, Martin Faber und andere auf, die Unterschrift dafür zu leisten. Dem folgten diese jedoch nicht.


Im Sommer 1577 wurde Ligarius zum Hofprediger von Ostfriesland durch [[Edzard II. Cirksena|Graf Edzard II]] berufen. Damit wurde Ligarius der führende Theologe des Luthertums in Ostfriesland. Am 25. November 1579 fand das erste Religionsgespräch auf der Burg Berum statt, auf das sich beide Parteien gründlich vorbereitet hatten. Von reformierter Seite erschienen nur Menso Alting aus Emden und Wicherus Millesius aus Hinte, während dazu von lutherischer Seite die Theologen Martin Faber aus Hage, [[Johannes Antwerpiensis]] aus Norden, Bernhard Bloccius aus Woquard und der Ligarius selbst erschienen. Die Gespräche verliefen ergebnislos.
Im Sommer 1577 wurde Ligarius zum Hofprediger von Ostfriesland durch [[Edzard II. Cirksena|Graf Edzard II]] berufen. Damit wurde Ligarius der führende Theologe des Luthertums in Ostfriesland. Am 25. November 1579 fand das erste Religionsgespräch auf der Burg Berum statt, auf das sich beide Parteien gründlich vorbereitet hatten. Von reformierter Seite erschienen nur Menso Alting aus Emden und Wicherus Millesius aus Hinte, während dazu von lutherischer Seite die Theologen Martin Faber aus Hage, [[Johannes Antwerpiensis]] aus Norden, Bernhard Bloccius aus Woquard und Ligarius selbst erschienen. Die Gespräche verliefen ergebnislos.


Am 3. Juli 1583 löste Graf Edzard II. den Coetus auf, doch bildeten sich rasch zwei neue. Da Ligarius nunmehr in Ungnade fiel, wurde er 1585 als Hofprediger entlassen. Magister [[Gottfried Heshusius]], der Sohn des Tilemann Heshusius, kam an seine Stelle. Gegen Widerstand wurde Ligarius nun zum Pastor und Superintendenten in Woerden 1587 berufen. Hier gab er das Woerdensche Gesangbuch 1589 heraus, das bis 1745 in Gebrauch blieb. Er schrieb hier auch "Dat cleine Corpus doctrinae", das ebenfalls in der Amsterdamer Gemeinde gebraucht wurde.
Am 3. Juli 1583 löste Graf Edzard II. den Coetus auf, doch bildeten sich rasch zwei neue. Da Ligarius nunmehr in Ungnade fiel, wurde er 1585 als Hofprediger entlassen. Magister [[Gottfried Heshusius]], der Sohn des Weseler bzw. Helmstedter Theologen Tilemann Heshusius, kam an seine Stelle. Gegen Widerstand wurde Ligarius nun zum Pastor und Superintendenten in Woerden 1587 berufen. Hier gab er das Woerdensche Gesangbuch 1589 heraus, das bis 1745 in Gebrauch blieb. Er schrieb hier auch "Dat cleine Corpus doctrinae", das ebenfalls in der Amsterdamer Gemeinde gebraucht wurde.


Schließlich wurde Ligarius auch hier vor den Hof von Holland geladen und gegen Ende 1591 nach fünf Jahren aus Woerden vertrieben. Nun ging er nach Emden zurück und wurde 1592 Prediger der dortigen Gemeinde. Hier verfasste er zwei Schriften, die beide als verloren gelten müssen: Eine Evangelienpostille und einen Kommentar zu dem 9. bis 11. Kapitel des Römerbriefes.
Schließlich wurde Ligarius auch hier vor den Hof von Holland geladen und gegen Ende 1591 nach fünf Jahren aus Woerden vertrieben. Nun ging er nach Emden zurück und wurde 1592 Prediger der dortigen Gemeinde. Hier verfasste er zwei Schriften, die beide als verloren gelten müssen: Eine Evangelienpostille und einen Kommentar zu dem 9. bis 11. Kapitel des Römerbriefes.